Odjel za genetski modificirane organizme je središnje i koordinativno tijelo za obavljanje stručnih poslova u vezi s genetski modificiranim organizmima, koje obavlja upravno-pravne i stručne poslove te poslove sanitarnog nadzora nad primjenom Zakona o genetski modificiranim organizmima i na temelju njega donesenim propisima, sukladno svom djelokrugu; proizvodnjom i prometom genetski modificiranih organizama; ovlašćuje laboratorije za ispitivanje, kontrolu i praćenje genetski modificiranih organizama i proizvoda koji sadrže ili se sastoje ili potječu od genetski modificiranih organizama, te utvrđuje uvjete koje moraju ispunjavati laboratoriji; predlaže Vladi Republike Hrvatske privremeno ili trajno ograničenje ili zabranu uvoza proizvoda koji sadrže ili se sastoje ili potječu od genetski modificiranih organizama; provodi upravni postupak izdavanja rješenja za prekogranični prijenos, prijevoz, stavljanje na tržište genetski modificiranih organizama i proizvoda koji sadrže ili se sastoje ili potječu od genetski modificiranih organizama; obavlja odobravanje svakog genetski modificiranog organizma ili proizvoda koji sadrži ili se sastoji ili potječe od genetski modificiranih organizama prilikom prvog stavljanja na tržište navedenih proizvoda kao i o produljenju dopuštenja za stavljanje na tržište; daje ovlaštenje pravnim osobama za izradu procjene rizika; potvrđuje primitak prijave te sažetak dostavlja bez odlaganja Europskoj komisiji i nadležnim tijelima država članica Europske unije; izrađuje izvješće o procjeni prikladnosti stavljanja na tržište genetski modificiranih organizama i proizvoda koji sadrže ili se sastoje ili potječu od genetski modificiranih organizama te ih dostavlja Europskoj komisiji sa svim utvrđenim podacima; razmatra sporna pitanja s Komisijom Europske unije i nadležnim tijelima država članica Europske unije radi postizanja dogovora u pogledu stavljanja na tržište određenog genetski modificiranog organizma ili proizvoda koji sadrže ili potječu od genetski modificiranih organizama; obavještava Komisiju Europske unije i nadležna tijela država članica Europske unije o izdavanju dopuštenja za stavljanje na tržište genetski modificiranih organizama, proizvoda koji sadrže ili se sastoje ili potječu od genetski modificiranih organizama, u propisanom zakonskom roku; privremeno ograničava ili zabranjuje stavljanje na tržište određenog genetski modificiranog organizma ili proizvoda koji sadrže ili potječu od genetski modificiranih organizama, ako se na temelju informacije o novim ili dodatnim znanstveno utemeljenim podacima utvrdi da genetski modificirani organizam ili proizvod koji sadrže ili se sastoje ili potječu od genetski modificiranih organizama mogu predstavljati rizik koji prilikom dopuštenja nije bio uzet u obzir, o čemu obavještavaju nadležno tijelo Europske unije; propisuje uvjete u vezi s obilježavanjem genetski modificiranih organizama; predlaže Vladi Republike Hrvatske zajedno s ostalim nadležnim tijelima, članove Vijeća za genetski modificirane organizme zadužene za praćenje stanja i razvoja na području rukovanja s genetski modificiranim organizmima i pružanja stručne pomoći nadležnim tijelima; predlaže Vijeću Odbor za ograničenu uporabu genetski modificiranih organizama i Odbor za uvođenje genetski modificiranih organizama u okoliš; vodi jedinstveni upisnik genetski modificiranih organizama, kao i posebni upisnik sukladno svom djelokrugu, te propisuje oblik i način vođenja upisnika genetski modificiranih organizama i način određivanja troškova ispisa; obavlja nadzore nad zatvorenim sustavima koji se bave ograničenom uporabom genetski modificiranih organizama; surađuje s drugim nadležnim tijelima po pitanju ograničenja uporabe genetski modificiranih organizama u zatvorenom sustavu; surađuje sa znanstveno-stručnim tijelima osnovanim na temelju Zakona o genetski modificiranim organizmima; ovlašćuje laboratorije za ispitivanje, kontrolu i praćenje genetski modificiranih organizama i proizvoda koji sadrže ili se sastoje ili potječu od genetski modificiranih organizama, te utvrđuje uvjete koje moraju ispunjavati laboratoriji o čemu izrađuje prijedlog pravilnika; predlaže Vladi Republike Hrvatske privremeno ili trajno ograničenje ili zabranu uvoza proizvoda koji sadrže ili se sastoje ili potječu od genetski modificiranih organizama; podnosi izvješća o učinjenom u kvantitativnom i kvalitativnom smislu.