Odjel za financijsko upravljanje i kontrolu obavlja poslove koji se odnose na financijsko upravljanje i kontrolu ispravnog trošenja sredstava operativnih programa u okviru pretpristupnog i strukturnih instrumenata EU; sudjeluje u izboru projekata za financiranje sukladno financijskim kriterijima primjenjivima za operativni program te osiguravanje njihove usklađenosti s nacionalnim propisima i propisima Europske unije tijekom cijelog trajanja njihove provedbe; priprema financijski plan prema projektima odabranim za financiranje, uključujući pokazatelje za trošenje sredstava u svrhu praćenja iskorištenosti sredstava; priprema projekcije, uključujući planiranje dijela nacionalnog proračuna za provedbu operativnih programa; prati provedbu pravila n 3 i poduzima potrebne mjere radi sprječavanja povrata nepotrošenih sredstava, a prema potrebi predlaže preraspodjelu sredstava kako bi se raspoloživa sredstva učinkovito iskoristila te poduzima mjere u cilju sprečavanja dvostrukog financiranja; provodi administrativne i terenske kontrole korištenja sredstava uključujući ovjeravanje načina korištenja sredstava; obavlja provjeru isporuke svih sufinanciranih proizvoda i usluga te stvarni utrošak svih od strane korisnika prikazanih izdataka za projekte, kao i njihovu usklađenost s pravilima Europske unije i nacionalnim pravilima; uspostavlja sustav izvještavanja o nepravilnostima te izvještava o nepravilnostima te nadgleda rad tijela u strukturi to jest posredničkih tijela na temelju procjene rizika; upravlja rizicima te koordinira i sudjeluje u vođenju registra rizika osigurava postojanje sustava za evidentiranje i čuvanje računovodstvenih podataka u elektroničkom obliku te osigurava prikupljanje podataka o provedbi koji su potrebni za financijsko upravljanje, nadzor, provjeru, reviziju i vrednovanje; unosi odgovarajuće podatke u elektronički sustav te osigurava razmjenu podataka s Europskom komisijom; osigurava da korisnici i druga tijela koja su uključena u provedbu projekata održavaju ili poseban računovodstveni sustav ili odgovarajuće računovodstvene šifre za sve transakcije koje se odnose na projekt, ne dovodeći u pitanje nacionalna računovodstvena pravila; utvrđuje postupke te osigurava da se svi dokumenti u vezi s izdacima i revizijama, potrebni da se osigura odgovarajući revizijski trag, čuvaju na odgovarajući način; čuva dokumente i evidencije o provedbi funkcija radi osiguravanja odgovarajućeg revizijskog traga; osigurava da Tijelo nadležno za ovjeravanje u svrhu ovjeravanja prima sve potrebne informacije o postupcima i provjerama provedenima u vezi s izdacima; surađuje s Ministarstvom financija te s drugim tijelima državne uprave i institucijama uključenim u financijsko upravljanje fondovima Europske unije te pruža Europskoj komisiji informacije koje joj omogućuju procjenu velikih projekata; tijelima u strukturi to jest posredničkim tijelima daje naputke za provedbu delegiranih funkcija; prati primjenu i vrši potrebne izmjene uputa o postupanju za provedbu pojedinih operacija te obavlja i druge poslove iz svoje nadležnosti.«.