Operativno djelovanje Stožera obavlja MRCC u Rijeci. 13. Zadaci Stožera su: zapovjedno djelovanje po Planu intervencija, donošenje odluke o aktiviranju i završetku djelovanja po Planu intervencija odnosno o aktiviranju i završetku koordinativnog djelovanja MRCC-a, provedba mjera sprječavanja onečišćenja mora, aktiviranje ljudstva, raspoložive opreme i sredstava s kopna, mora i zraka, aktiviranje raspoloživih tehničkih i ljudskih resursa Obalne straže, usklađivanje aktivnosti nadležnih središnjih tijela državne uprave i pravnih osoba i službi u djelovanjima koja se odnose na sprječavanje i smanjenje šteta u moru te traženje informacija od drugih središnjih tijela državne uprave, institucija te pravnih i fizičkih osoba po potrebi, davanje naloga za uzorkovanje i analizu onečišćenja morskog okoliša za vrijeme i nakon intervencije, prikupljanje dokaza i dokumenata u svrhu potraživanja naknade štete po okončanju intervencije, donošenje odluke o načinu uklanjanja onečišćenja, donošenje odluke o uporabi disperzanata, donošenje odluke o načinu i mjestu odlaganja prikupljenog otpada, traženje pomoći drugih država, odnosno traženje pomoći od REMPEC-a putem MRCC-a, odnosno aktiviranje Subregionalnog plana, koordiniranje operacijama zajedničkog reagiranja prema Subregionalnom planu, kada Republika Hrvatska zatraži pomoć drugih država i REMPEC-a, davanje zadataka i praćenje rada MRCC-a i ŽOC-eva, usvajanje godišnjeg izvješća o onečišćenjima mora i poduzetim djelovanjima, razmjena informacija i suradnja s predstavnicima MRCC-a, ŽOC-eva te tijelima drugih država u okviru provedbe Subregionalnog plana, donošenje prijedloga financijskog plana za provedbu Plana intervencija i Subregionalnog plana, izrada procjene potrebnih sredstava u slučaju žurnih intervencija temeljem procjene ŽOC-a, donošenje Poslovnika, informiranje javnosti. 14. Djelovanje Stožera Ako onečišćenje opasnim i štetnim tvarima ili izvanrednim prirodnim događajem u moru može ugroziti morski okoliš, zdravlje ljudi i gospodarsku uporabu mora i može imati posljedice za dvije ili više županija ili kada je količina onečišćenja uljem i/ili smjesom ulja veća od 2000 m³, zapovjedno djelovanje provodi Stožer, a koordinativno djelovanje MRCC u suradnji sa ŽOC-evima.