Odjel za hranu radi na harmonizaciji propisa o kakvoći hrane s vertikalnim propisima Europske unije za sljedeće grupe prehrambenih proizvoda: čokolada i proizvodi od čokolade, šećeri, med, voćni sokovi i slični proizvodi, prirodne mineralne, izvorske i stolne vode, eruka kiseline u uljima i mastima, trajno mlijeko, ekstrakti kave i cikorije, voćni džemovi, želei i marmelade, kazein i kazeinati, maslinovo ulje i drugi prehrambeni proizvodi za koje je EU donijela posebne propise; radi na izradi i provedbi nacionalnih propisa o kakvoći prehrambenih proizvoda za koje Europska unija nije donijela posebne propise; izrađuje i daje stručna tumačenja propisa o općem deklariranju, odnosno označavanju hrane te propisa o navođenju hranjivih (nutritivnih) vrijednosti hrane kao i ostalih propisa iz nadležnosti; vodi upravni postupak za priznavanje prirodnih mineralnih i izvorskih voda; vodi evidencije o priznatim mineralnim i izvorskim vodama te evidencije o stolnim vodama; sudjeluje u izradi propisa vezanih za zdravstvenu ispravnost i higijenu hrane; sudjeluje u izradi propisa o novoj hrani, posebice hrani i hrani za životinje koja sadrži genetski modificirane organizme; zajedno s Agencijom za hranu sudjeluje u izradi vodiča dobre proizvođačke prakse i dobre laboratorijske prakse te vodiča za primjenu HACCP (Analiza rizika kontrolom kritičnih točaka) sustava; surađuje s Agencijom za hranu u području uspostave sustava brzog uzbunjivanja u svezi s opasnostima u hrani; sudjeluje u obavještavanju o rizicima u vezi s opasnostima s hranom; izrađuje propise o metodama uzorkovanja i laboratorijskim analitičkim metodama za kontrolu kakvoće prehrambenih proizvoda; izrađuje propise o uvjetima koje moraju ispunjavati ispitni laboratoriji te propisuje postupak ocjenjivanja i ovlašćivanja ispitnih laboratorije za potrebe službene kontrole kakvoće hrane; ovlašćuje ispitne i referentne laboratorije za potrebe službene kontrole kakvoće hrane; vodi evidencije o ovlaštenim ispitnim i referentnim laboratorijima te o metodama za koje su ovlašteni; radi na izradi programa za izdvajanje proračunskih sredstava kojima će se podupirati akreditacija laboratorija prema međunarodno prihvaćenim standardima; surađuje s nadležnim inspekcijskim službama za kakvoću hrane; sudjeluje u programima edukacije nadležnih inspektora; radi na harmonizaciji propisa o zemljopisnom podrijetlu hrane, izvornosti hrane i hrane posebnih karakteristika (tradicionalni ugled hrane); vodi upravni postupak za priznavanje poljoprivredno-prehrambenih proizvoda koji mogu nositi oznaku zemljopisnog podrijetla, oznaku izvornosti i oznaku tradicionalnog ugleda hrane; vodi registre (upisnike) prehrambenih proizvoda koji nose oznaku zemljopisnog podrijetla, oznaku izvornosti, oznaku tradicionalni ugled; prati stanje u području proizvodnje i trženja proizvoda s oznakom iz nadležnosti; radi na propisima o standardizaciji proizvodnje prehrambenih proizvoda posebne kakvoće; propisuje postupak kontrole i potvrđivanja sukladnosti proizvoda iz nadležnosti i uvjete kojima moraju udovoljavati ovlaštene pravne osobe za potvrđivanje sukladnosti (certificiranje) proizvoda s oznakom tradicionalnog ugleda, oznakom izvornosti i zemljopisnog podrijetla hrane; obavlja upravni nadzor ovlaštenih pravnih osoba iz nadležnosti; prati i sudjeluju u radu međunarodnih organizacija (Codex Alimentarius, FAO, WHO, i dr.); sudjeluje u projektima iz nadležnosti Sektora.