Odjel obavlja nadzor i kontrolu rada svih ustrojstvenih jedinica Carinske uprave u pogledu ispravne primjene carinskih, trošarinskih, vanjskotrgovinskih, deviznih, poreznih i ostalih propisa u cilju otklanjanja propusta i ujednačavanja prakse svih ustrojstvenih jedinica na teritoriju Republike Hrvatske, sustavno izučava i procjenjuje ugroženost carinske službe i njezinih službenika i namještenika od korupcije i organiziranog kriminala, te s tim u vezi nalaže operativne provjere, obavlja analize i simulacije za Europsku uniju, prikuplja podatke koji se odnose na carinska davanja, prati moguća kršenja zakonitosti rada i pravila službe od strane carinskih službenika (interna kontrola) i poduzima mjere u skladu s ovlastima propisanima zakonom, prati ravnomjernu primjenu pravnih normi, obavlja kontrolu carinskih deklaracija i isprava koje se podnose uz carinske deklaracije te obračun carinskog i poreznog duga, provodi kontrolu pravodobnog evidentiranja i naplate carinskih davanja, izrađuje inspekcijska izvješća i predlaže poduzimanje određenih mjera, redovito provodi neposredan nadzor po ustrojstvenim jedinicama Carinske uprave, provodi carinski nadzor, carinsku provjeru i kontrolu pri sprječavanju i otkrivanju carinskih i trošarinskih prekršaja, priprema stručne podloge za podnošenje prijava ili zahtjeva za pokretanje prekršajnih, kaznenih ili disciplinskih postupaka zbog povrede carinskih propisa od strane carinskih službenika, analizira predložene mjere Odjela za upravljanje rizicima i postupa sukladno ovlastima propisanima zakonom, surađuje s nadležnim tijelima državne vlasti iz područja svoga djelokruga, surađuje s pročelnicima iz područja svoga djelokruga, obavlja i druge poslove po nalogu ravnatelja.