Zadaće Agencije su: a) pružati nadležnom tijelu najbolja moguća znanstvena mišljenja u svim slučajevima kada je to propisano ovim Zakonom, b) promicati i koordinirati razvoj jedinstvene metodologije procjene rizika u okviru djelatnosti, c) pružati znanstvenu i tehničku potporu nadležnom tijelu iz svoje djelatnosti i kad se to od nje traži, u interpretaciji i razmatranju mišljenja procjene rizika, d) osigurati izradu znanstvenih studija u okviru djelatnosti, e) tražiti, prikupljati, uspoređivati, analizirati i rezimirati znanstvene i tehničke podatke iz svoje djelatnosti, f) poduzimati radnje za identifikaciju i karakterizaciju rizika iz svoje djelatnosti, g) uspostaviti sustav mreža institucija iz članka 25. stavka 6. ovoga Zakona i snositi odgovornost za djelovanje mreža, h) omogućiti znanstvenu i tehničku pomoć, kada to od nje zatraži nadležno tijelo, u postupcima upravljanja krizom koje provodi nadležno tijelo, u području zdravstvene ispravnosti hrane i hrane za životinje, i) omogućiti znanstvenu i tehničku pomoć iz svoje djelatnosti, kada to od nje zatraži nadležno tijelo, s ciljem unapređivanja suradnje između Republike Hrvatske i Europske unije, međunarodnih organizacija i drugih zemalja, j) osigurati da javnost i zainteresirane strane dobiju brzu, pouzdanu, objektivnu i razumljivu informaciju iz njezine djelatnosti, k) izvoditi neovisne zaključke i izražavati stavove u pitanjima iz svoje djelatnosti, l) izvršiti svaku drugu zadaću iz svoje djelatnosti koju joj dodijeli nadležno tijelo.