Poslije rata Gotovina je odlukom Franje Tuđmana potkraj 1995. imenovan glavnim inspektorom Hrvatske vojske a dužnost je obnašao do listopada 2000. Nakon oslobađanja dubrovačkog zaleđa Gotovina početkom 1993. postaje zapovjednikom operativne zone Split te se angažira za pripremu i planiranje vojno-redarstvene operacije Maslenica na zadarskom području, gdje vodi Četvrtu gardijsku brigadu u osvajanju Zemunika, Škabrnje i zračne luke u Donjem Zemuniku.