Stožer vodoprivrede nadležan je za nesreće u kojima dolazi do onečišćenja površinskih odnosno podzemnih voda ili postoji opasnosti da do toga dođe; nema županijske stožere i rješava sve slučajeve onečišćenja ili opasnosti od onečišćenja voda, pri čemu dolazi do preklapanja njegovih aktivnosti s aktivnostima eko-stožera ili drugim stožerima.