Odjel knjigovodstva organizira i regulira način praćenje stanja i kretanja financijskih pokazatelja po nositeljima planiranja na način da propisuje knjigovodstvene postupke u Ministarstvu i Oružanim snagama, organizira i provodi knjiženja isprava financijskog poslovanja za ustrojstvene jedinice Ministarstva, organizira i provodi knjiženja obračuna plaća za Ministarstvo i Oružane snage u poslovnim knjigama Ministarstva, izrađuje mjesečna, tromjesečna, polugodišnja i godišnja financijska izvješća, dostavlja financijska izvješća Državnom uredu za reviziju, Ministarstvu financija i Financijskoj agenciji, utvrđuje i evidentira vlastite prihode Ministarstva, organizira praćenje količinskih i financijskih promjena u prometu materijalnih dobara na način da organizira i provodi knjiženja materijalnih isprava u pomoćne knjige imovine, usklađuje stanja između materijalnih evidencija i pomoćnih knjiga imovine, pokreće postupak godišnjeg popisa te prati propise vezane za financijsko i materijalno knjigovodstvo.