Plansko-operativni odjel obavlja stručne poslove vezane za: provedbu obrambene politike i smjernica ministra obrane radi ulaska Republike Hrvatske u NATO, praćenje i raščlambu procesa i ključnih aktivnosti u NATO-u i državama članicama Partnerstva za mir, predlaganje politike Ministarstva prema NATO-u i Partnerstvu za mir, upravljanje, nadzor i koordinaciju aktivnosti Ministarstva i ostalih ministarstava u NATO-u i aktivnostima Partnerstva za mir, planiranje aktivnosti u Partnerstvu za mir kroz partnerski radni program i Individualni partnerski program, usklađivanje i nadzor nad provedbom prihvaćenih partnerskih ciljeva, koordinaciju i razmjenu informacija između zemalja partnera na internetu (Partnership Real-Time Information Management and Exchange system), planiranje i provedbu Procesa planiranja i raščlambe u Partnerstvu za mir, izradu analitičkih materijala za potrebe Uprave za obrambenu politiku, praćenje i usmjeravanje rada Vojnog odjela Misije Republike Hrvatske pri NATO-u, sudjelovanje u pripremi hrvatskih vojnih predstavnika za rad u Vojnom odjelu Misije Republike Hrvatske pri NATO-u i stožerima i drugim institucijama NATO-a, poticanje, praćenje i koordinaciju inicijativa i radnih skupina NATO-a, izradu godišnjeg nacionalnog programa Akcijskog plana za članstvo, financijsko osiguranje i praćenje provedbe aktivnosti u Individualnom partnerskom programu, izradu i praćenje izvršenja proračuna Službe za NATO i Partnerstvo za mir, obavljanje administrativnih poslova te vođenje arhive, stručno prevođenje dokumenata za potrebe Službe za NATO i Partnerstvo za mir.