Odjel za financijsko upravljanje i kontrole koordinira uspostavljanje i razvoj metodologija financijskog upravljanja i sustava unutarnjih kontrola u Ministarstvu; sudjeluje i pomaže rukovodećim službenicima ustrojstvenih jedinica Ministarstva u opisu i popisu poslova, uspostavljanju i razvoju procedura i postupaka u svezi s pripremom, obradom, tijekom i pohranom financijskih i drugih dokumenata u svim segmentima poslovanja Ministarstva; usmjeren je na uspostavljanje unutarnjih kontrola i analizu rizika u Ministarstvu u dijelu praćenja prihoda i primitaka, izvršavanju rashoda i materijalnih sredstava, postupaka javne nabave i upravljanja projektima u cilju izvršavanja poslova iz djelokruga rada Ministarstva; sudjeluje u izradi izvješća o uspostavi i funkcioniranju sustava financijskog upravljanja i kontrola; koordinira razvoj financijskog upravljanja i pruža potporu ostalim rukovoditeljima u razvoju financijskog upravljanja u cijeloj organizaciji; u suradnji s ostalim rukovoditeljima osmišljava razvoj prethodnih i naknadnih kontrola u procesima planiranja, realizacije i praćenje realizacije proračunskih sredstava; po potrebi inicira izradu internih akata (naputaka, pravilnika) kojima se uređuju opisi poslova, ovlasti i odgovornosti pojedinih sudionika u procesima planiranja, izrade programa, praćenja realizacije programa, obrade financijskih dokumenata, internog izvješćivanja o realizaciji proračunskih sredstva i o ostvarenim ciljevima; u suradnji s ostalim rukovoditeljima potiče razvoj računovodstvenih sustava, odnosno pruža potporu rukovoditeljima u osmišljavanju evidencija o troškovima i drugim relevantnim financijskim informacijama, kao i o sadržaju i strukturi internih izvješća za potrebe pravovremenog i učinkovitog financijskog upravljanja; ukazuje na nedostatke; inicira mjere za otklanjanje nedostataka; surađuje s Upravom za harmonizaciju unutarnje revizije i financijske kontrole Ministarstva financija, dostavlja propisana izvješća i traženu dokumentaciju.«