Samostalna služba nadležna je za koordinaciju zakonodavnih, upravnih i operativnih aktivnosti između tijela u AFCOS sustavu, a s ciljem zaštite financijskih interesa Europske unije te s tim u vezi i za neposrednu suradnju s Uredom Europske komisije za borbu protiv prijevara (OLAF), razmjenu informacija o nepravilnostima i prijevarama s tijelima u AFCOS sustavu i OLAF-om, osiguravanje provođenja neposrednih inspekcija i istraga OLAF-ovih stručnjaka na području Republike Hrvatske, razvijanje programa stručnog usavršavanja zaposlenika tijela u AFCOS sustavu u suradnji s OLAF-om i pružanje organizacijske potpore u njihovoj realizaciji, davanje uputa nadležnim tijelima iz AFCOS MREŽE za postupanje u svrhu prikupljanja dokaza, utvrđenja činjenica te pokretanja postupaka sankcioniranja, pokretanje odgovarajućih postupaka na temelju dojava prikupljenih na elektroničkoj adresi, posebno otvorenoj samo za prijave nepravilnosti, razmjenu informacija s drugim tijelima javne vlasti u slučaju sumnje ili prijave sumnje na prijevaru, korupciju ili drugi oblik nepravilnosti u sustavu te podnošenje odgovarajućih prijava nadležnim tijelima iz AFCOS MREŽE, praćenje tijeka istražnih postupaka u vezi s protuzakonitim korištenjem sredstava pomoći Europske unije, izvješćivanje Nacionalnog dužnosnika za ovjeravanje o poduzetim mjerama i rezultatima postupaka pokrenutima u svrhu sankcioniranja otkrivenih nepravilnosti, primanje, kontroliranje i objedinjavanje izvješća o nepravilnostima u upravljanju i korištenju sredstava pomoći Europske unije te njihovo dostavljanje Nacionalnom dužnosniku za ovjeravanje, praćenje povrata nezakonito isplaćenih sredstava pomoći Europske unije, vođenje registra o utvrđenim nepravilnostima.