Odjel za uspostavu i nadzor sustava obavlja stručne, administrativne i upravno-pravne poslove koji se odnose na uspostavu sustava u suradnji i koordinaciju sa drugim tijelima Operativne strukture; uspostavlja i kontrolira provedbu procedura o postupanju vezano za provedbu Operativnih programa; izrađuje upute o postupanju za provedbu pojedinih operacija, osigurava uspostavu informatičkog sustava praćenja, nadzora i izvještavanja za Operativne programe, priprema i koordinira priručnike o postupanju, osigurava da tijela postupaju sukladno važećim priručnicima o postupanju i propisanim uputama i procedurama, surađuje sa revizorskim misijama, osigurava da svi dokumenti imaju revizorski trag, koordinira izradu izjave o jamstvu, vodi evidenciju o provedenim vanjskim i unutarnjim revizijama, upravlja rizicima i izrađuje registar rizika, uspostavlja sustav izvještavanja o nepravilnostima i izvještava o nepravilnostima.