1. kolovoza 2000. - Dvoje je ljudi poginulo u eksploziji bombe pred rezidencijom filipinskog veleposlanika u Džakarti koji je pritom i sam ranjen, zajedno s desecima drugih ljudi 13. rujna 2000. - U eksploziji bombe u zgradi burze u Džakarti poginulo 15 ljudi, ranjeno na desetke 24. prosinca 2000. - U nizu podmetnutih bombi u crkve u Džakarti i drugdje, na Badnju je večer poginulo 17 ljudi, a oko stotinu je ranjeno 12. listopada 2002. - U višestrukim eksplozijama na otoku Baliju poginule 202 osobe, među kojima veliki broj stranih turista, uključujući 88 Australaca 5. prosinac 2002. - Troje poginulih u eksploziji u prehrambenom objektu McDonald ' sa u gradu Makassaru 5. kolovoza 2003. - 12 ljudi je poginulo, a 150 je ranjeno kad je ispred hotela JW Marriott u Džakarti eksplodirala snažna bomba 10. siječnja 2004. - U eksploziji bombe u karaoke baru u Palopu na otoku Sulawesiju poginule četiri osobe