Samostalni odjel za vojni zračni promet obavlja poslove u vezi sigurnosti vojnog zračnog prometa, poslove vezane za certificiranje vojnih zrakoplova i vojnih aerodroma te licenciranje vojnog zrakoplovnog osoblja, obavlja nadzor nad vojnim zrakoplovima, vojnim aerodromima te letačkim i tehničkim osobljem, obavlja upravne, nadzorne i druge stručne poslove koji se odnose na vojni zračni promet, priprema nacrte prijedloga zakonskih i podzakonskih akata za djelatnosti vojnog zrakoplovstva, za potrebe Ministarstva, utvrđuje pravna i operativna pitanja vezana za korištenje zračnog prostora Republike Hrvatske, obavlja stalni stručni nadzor i kontrolu nad letačkim, tehničkim i ostalim pomoćnim zrakoplovnim osobljem u postrojbama Oružanih snaga, prati i analizira stanje vojnog zračnog prometa, sudjeluje u vođenju pregovora i sklapanju međunarodnih ugovora po pitanjima vojnog zračnog prometa, sudjeluje na međunarodnim skupovima i odborima NATO-a, Eurocontrola te Europske komisije po pitanju vojnog zračnog prometa, predstavlja Ministarstvo na sastancima s ostalim tijelima državne uprave po pitanjima vojnog zračnog prometa, izučava vojna pitanja iz oblasti međunarodnih ugovora i predlaže smjernice, priprema podloge i predlaže stručne programe osposobljavanja vojnog zrakoplovnog i drugog stručnog osoblja u vojnom zrakoplovstvu, izdaje potvrde o prihvaćanju certifikacije tipa (validacija izvornog certifikata) za tipove vojnih zrakoplova, obavlja osnovne, redovne i izvanredne tehničke preglede zrakoplova i opreme u vojnom zrakoplovstvu, izdaje certifikate o plovidbenosti vojnih zrakoplova i opreme za njihovu upotrebu kao i potvrde o upisu u registar vojnih zrakoplova, vodi registar vojnih zrakoplova, vojnog zrakoplovnog osoblja i vojnih aerodroma u Republici Hrvatskoj, izdaje dozvolu vojnom letačkom i tehničkom kao i pomoćnom zrakoplovnom osoblju, izdaje odobrenja za obavljanje specifičnih poslova za potrebe vojnog zrakoplovstva, provodi i osigurava primjenu zakona i drugih propisa u vojnom zrakoplovstvu, izdaje odobrenje za sudjelovanje vojnih zrakoplova na civilnim i vojnim zrakoplovnim priredbama, izrađuje naputke koji reguliraju vojni zračni promet, odobrava uporabu letačkih i tehničkih priručnika, odobrava vojne zrakoplovne publikacije, sudjeluje u radu povjerenstva za tehnički pregled vojnih aerodroma, obavlja stručno-tehničke poslove Povjerenstva za istraživanje vojnih zrakoplovnih nesreća.