Sistematizacija se najčešće provodi prema vrsti plijesni (aspergilus i penicilium toksini, trihoteceni), kemijskoj strukturi (kumarini, laktoni, seskviterpeni) te prema načinu djelovanja (hepatotoksini, nefrotoksini, citotoksini, tremogeni, imunotoksični te estrogeni mikotoksini) (Bennett i Klich, 2003., Mašek i Šerman, 2006.).