Uprava pomorske i unutarnje plovidbe, brodarstva, luka i pomorskog dobra priprema nacrte prijedloga zakonskih i podzakonskih akata iz područja pomorskog brodarstva i prometa, unutarnje plovidbe, pomorskog dobra, morskih i riječnih luka, agencija pomorske i unutarnje plovidbe, priprema i izrađuje nacrte međunarodnih ugovora i drugih akata iz područja pomorstva i unutarnje plovidbe, sudjeluje u radu međunarodnih organizacija u području pomorstva i unutarnje plovidbe, sudjeluje u izradi i prati propise Europske unije u području pomorstva i unutarnje plovidbe, osigurava usklađivanje zakonodavstva Republike Hrvatske u području pomorstva i unutarnje plovidbe s pravnom stečevinom Europske unije, sudjeluje u izradi strateških dokumenata, te predlaže razvojnu politiku iz područja pomorstva i unutarnje plovidbe, vodi prvostupanjski i drugostupanjski upravni postupak iz nadležnosti Uprave, daje mišljenja na zakonske prijedloge drugih nadležnih tijela, daje pravna mišljenja i tumačenja o pravnim pitanjima u području pomorstva i unutarnje plovidbe, obavlja poslove procjene učinka propisa iz svoga djelokruga, poduzima radnje u postupcima pred upravnim sudovima i Visokim upravnim sudom Republike Hrvatske iz svoga djelokruga, provodi upravni nadzor, prati i analizira gospodarenje i upravljanje morskim resursima, prostorom uz morsku obalu i sustavom unutarnje plovidbe, prati i analizira stanje, poslovanje i razvoj morskih i riječnih luka, koordinira, nadzire i daje upute za rad lučkih uprava, prati rad Agencija za obalni linijski promet i vodne putove, prati poslovanje pravnih osoba od interesa za Republiku Hrvatsku u području pomorstva, utvrđuje granice pomorskog dobra i vodi upisnik koncesija na pomorskom dobru za koje je davatelj koncesija Vlada Republike Hrvatske, obavlja sve pripremne radnje za koncesije na pomorskom dobru koje su od značaja za Republiku Hrvatsku, prati namjensko trošenje proračunskih sredstava iz razdjela Ministarstva za poslove brodarstva, pomorskog dobra, lučkog sustava i koncesija, predlaže mjere za unaprjeđenje položaja hrvatskih pomoraca i surađuje sa socijalnim partnerima.