Ministar pravilnicima detaljnije propisuje obračun i naplatu vodnih naknada, osim naknade za melioracijsku odvodnju, naknade za navodnjavanje, naknade za razvoj i naknade za priključenje, a osobito obveznike, osnovicu, obračunska razdoblja, privremeni i konačni obračun, sadržaj iskaza obračuna vodnih naknada kada se one naplaćuju putem uplatnica, sadržaj rješenja o obračunu vodne naknade, rokove plaćanja, ustanovljavanje i vođenje očevidnika vodnih naknada, dostavu podataka iz očevidnika propisanih Zakonom o vodama, način ostvarenja prava na povrat preplaćenih iznosa vodnih naknada, korekcijske koeficijente za obračun vodnoga doprinosa i druga pitanja na koja upućuje ovaj Zakon.