Odsjek za obračun plaće i blagajnu vrši obračun plaća i ostalih naknada zaposlenika, prati i primjenjuje propise u svezi plaća i obveznih doprinosa i poreza vezanih uz plaće, obračunava i isplaćuje dohotke po ugovorima o djelu, autorskom honoraru i ostale dohotke temeljem odluka ili rješenja nadležnih osoba, izrađuje i u zadanim rokovima dostavlja nadležnim institucijama propisana izvješća i obrasce, vodi porezne kartice zaposlenika i izdaje, na zahtjev zaposlenika, potvrde u svezi njihovih plaća i ostalih primanja, vrši plaćanja preko blagajne i vodi propisane evidencije o službenim putovanjima, korištenju službenih automobila i sl. te obavlja i druge poslove koje mu povjeri nadležna osoba.