Služba tretmana obavlja upravne i stručne poslove koji se odnose na: unaprjeđivanje i provedbu programa izvršavanja kazne zatvora, maloljetničkog zatvora i odgojne mjere upućivanja u odgojni zavod, provođenja sigurnosnih mjera, dijagnostiku maloljetnika, klasifikaciju i reklasifikaciju, sudjelovanje u upućivanju zatvorenika u određeno kazneno tijelo i premještanju, izradu stručnih izvješća i mišljenja u vezi pomilovanja, prekida kazne, uvjetnog otpusta, obustave odgojne mjere i dr., zdravstvenu zaštitu zatvorenika i maloljetnika, izobrazbu i organizaciju provedbe slobodnog vremena, praćenja suvremenih dostignuća i najbolje prakse u provedbi programa, izradu stručnih mišljenja o tijeku provedbe programa, izrade i implementacije novih programa i projekata povezanih s tretmanskim potrebama i rizičnim čimbenicima zatvorenika i maloljetnika, ujednačavanje stručne prakse u provedbi programa izvršavanja kazne i programa postupanja, izradu uputa i pružanje stručne pomoći u obavljanju poslova iz svojega djelokruga, vođenje središnje matice, obradu i analizu podataka o zatvorenicima, maloljetnicima i istražnim zatvorenicima, vrednovanje rezultata u provedbi programa, rješavanja predstavki i pritužbi zatvorenika i maloljetnika iz svojega djelokruga, odgovaranje na upite državnih tijela o podacima iz evidencija zatvorenika, istražnih zatvorenika i maloljetnika, predlaganje i sudjelovanje u provedbi programa izobrazbe službenika, sudjelovanje u izradi nacrta propisa, provedbu unutarnjeg nadzora iz svojega djelokruga, suradnju s drugim državnim tijelima, institucijama i organizacijama civilnog društva i međunarodnu suradnju.