U Odjelu za računovodstvo obavljaju se poslovi organiziranja i praćenja izvršenja svih financijskih poslova sukladno zakonu, vodi se briga o zakonitoj primjeni važećih materijalno-financijskih propisa, zaprimaju se računi dobavljača, ovjerava se ispravnost računa nakon obavljene kontrole i njihova dostava u Središnji ured na plaćanje; obavljaju se poslovi obračuna plaća i naknada državnim službenicima i namještenicima, postupa se po ugovorima o djelu; podnose se zahtjevi za osiguranje gotovine za blagajničko poslovanje, poslovi podizanja gotovine u Financijskoj agenciji sukladno otpuštenim sredstvima, vodi se blagajničko poslovanje, izdaju se i pripremaju nalozi za službena putovanja i obračunavaju putni troškovi; organizira se godišnji popis imovine, obveza i potraživanja; obavljaju se poslovi ekonomata zaprimanje i raspodjela sredstava potrebnih za rad Carinarnice; izrađuju se narudžbenice; obavljaju se poslovi i evidencije vezano za pečate s državnim grbom i štambilje kao i distribucija istih korisnicima; obavljaju se poslovi i evidencije vezano za carinska kliješta, traže se suglasnosti za nabavu roba i usluga; izrađuje se prijedlog za rashod osnovnih sredstava i sitnog inventara; obavljaju se poslovi koji se odnose na korištenje i održavanje opreme na objektima; prate se i analiziraju troškovi službenih vozila.