Služba za upravljanje rizicima obavlja poslove izgradnje, razvoja, upravljanja i održavanja sustava za upravljanje rizicima koristeći se podacima iz Informacijskog sustava Carinske uprave, podacima prikupljenima od službi Sektora za nadzor i ostalih ustrojstvenih jedinica Carinske uprave, podacima prikupljenim razmjenom s drugim tijelima državne vlasti i ostalim subjektima u Republici Hrvatskoj, te s podacima prikupljenima međunarodnom razmjenom s carinskim službama drugih zemalja; ustrojava, podržava, razvija i upravlja bazama podataka; izrađuje i unosi profile rizika u sustav za upravljanje rizicima; obavlja poslove izvješćivanja ravnatelja i rukovoditelja ustrojstvenih jedinica o stanju, događajima i poduzetim mjerama; nadzire obavljanje poslova u tom području; daje preporuke za poduzimanje daljnjih mjera i radnji; pruža stručnu pomoć; obavlja i druge poslove iz svoga djelokruga.