U okviru Službe za posebne poreze obavljaju se poslovi izrade stručnih podloga, nacrta, prijedloga zakona i pravilnika sukladno smjernicama ovlaštenih državnih tijela, pripreme stručnih podloga i nacrta naputaka za provedbu, sudjelovanja u radu radnih tijela za izradu stručnih podloga i utvrđenja nacrta posebnih propisa iz djelokruga primjene propisa u nadležnosti Carinske uprave; surađuje u pripremi te priprema stručne podloge kojima se usklađuje nacionalno zakonodavstvo s pravnim stečevinama Europske unije, prati gospodarske, poslovne i porezne sposobnosti poreznih obveznika te surađuje s njima, prati smjernice proračunske porezne politike te sudjeluje na savjetovanjima i stručnim sastancima vezanima uz teme iz djelokruga Službe, prati posebne propise čija je primjena od utjecaja na primjenu posebnih poreza, izrađuje mjesečna izvješća o radu, nadzire poslove glavnog trezora i pomoćnih trezora, obavlja inspekcijske poslove nad proizvodnjom te proizvedenim i isporučenim količinama trošarinskih proizvoda kod poreznog obveznika u svezi s označavanjem propisanim markicama, sukladno trošarinskim propisima, obavljaju se poslovi izdavanja odobrenja za uvoz i izvoz predmeta oporezivanja, koja su propisana trošarinskim propisima, izdavanja odobrenja za porezna oslobođenja posebnog poreza, koja su propisana trošarinskim propisima, priprema naputaka i mišljenja u svezi s provedbom propisa o posebnim porezima, kontrole primjene i provedbe izdanih tumačenja i mišljenja vezanih za posebne poreze, praćenja propisa koji se odnose na posebne poreze te druge propise vezane uz njihovu primjenu, predlaganja izmjena propisa te surađuje u izradi prijedloga izmjena zakona i pravilnika za robu koja podliježe naplati posebnih poreza, davanja savjeta, mišljenja i odgovora na upite drugih državnih tijela, carinarnica i poreznih obveznika, obavljaju se poslovi vezani za narudžbu, primanje, izdavanje i distribuciju markica, te fakturiranja troškova markica naručitelju, nadziranja uništenja markica za označavanje trošarinskih proizvoda, obavljaju se poslovi dnevnog praćenja utroška i uplate tiskarske vrijednosti za markice, poslovi nadzora nad uporabom markica, evidentiranja podataka o količini izdanih markica za trošarinske proizvode, te uspoređivanje s podacima iz izvješća o proizvedenim količinama, stanja zaliha, izvezenim količinama trošarinskih proizvoda; surađuje s pročelnicima carinarnica u području svoga djelokruga, izvješćuje ravnatelja o svim pitanjima iz svoga djelokruga.