U Odjelu se prikuplja, evidentira, istražuje i obrađuje arheološka baština sa svrhom prikupljanja podataka i izrade dokumentacije kao podloge za utvrđivanje spomeničkih svojstava i vrednovanja, provode mjere pravne i fizičke zaštite arheološke baštine, daju potrebni elementi za upis u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske, organizira i provode konzervatorska istraživanja na arheološkim lokalitetima, te izrađuje prateća dokumentacija, pripremaju dozvole za arheološka istraživanja i iskopavanja, a posebno dozvole za istraživanja podmorja i vađenja arheoloških predmeta, pripremaju prethodne suglasnosti za užu lokaciju na arheološkim lokalitetima i drugim zaštićenim kulturno-povijesnim cjelinama, izrađuju prijedlozi projekata za unapređivanje i razvoj djelatnosti, istraživanja, dokumentiranja, zaštite i prezentiranje arheoloških lokaliteta i spomenika, sudjeluje u provođenju upravnog postupka, stručnog nadzora i ostalih poslova u području zaštite arheološke baštine, obavljaju i drugi poslovi sukladno nalogu i naputku čelnika Odjela odnosno Uprave.