U okviru Odjela za carinski sustav obavljaju se poslovi sustavnog praćenja provedbe propisa i sudjelovanja u pripremi stručnih podloga za donošenje novih propisa hrvatskoga pravnoga sustava, kojima se izravno ili neizravno uređuju odnosi u carinskome sustavu, sustavnog praćenja provedbe propisa hrvatskoga carinskog sustava, te pripreme stručnih podloga za donošenje novih carinskih propisa iz djelokruga Ministarstva financija i drugih državnih tijela, praćenja postupaka za donošenje carinskih propisa iz djelokruga Europske unije i mjera za njihovu provedbu, te pripreme stručnih podloga za donošenje propisa i poduzimanje drugih mjera za usklađivanje hrvatskih carinskih propisa s carinskim propisima Europske unije, sudjelovanja u pripremi stručnih podloga za donošenje propisa kojima se uređuje prekogranični promet osoba i roba u dijelu koji provodi carinska služba, i to: opći porezni propisi, propisi o porezu na dodanu vrijednost; devizni propisi, trgovinski propisi, propisi o financijskim prekršajima, u dijelu koji se odnosi na carinsku problematiku, sanitarni, veterinarski, fitosanitarni, zaštita okoliša, te zaštita nacionalnog blaga povijesne, umjetničke ili arheološke vrijednosti; sudjelovanja u pripremi stručnih podloga propisa općega dijela hrvatskoga pravnog sustava, posebice propisa o ustroju državne uprave i posebnim ovlastima upravnih tijela u provedbi carinskih propisa, općem upravnom postupku, upravnim sporovima i prekršajnim postupcima u dijelu koji se odnosi na provedbu propisa carinskog sustava, praćenja primjene carinskih propisa, te izrade nacrta naputaka i drugih mjera za njihovu djelotvorniju provedbu, praćenja provedbe mjera gospodarske politike, te politike carinske i izvancarinske zaštite, te izrade stručnih podloga za donošenje mjera za njihovu provedbu u dijelu koji se odnosi na područje carinskoga sustava, sudjelovanja u osposobljavanju carinskih službenika i drugih sudionika u primjeni carinskih propisa, pripreme nacrta naputaka i drugih usmjeravajućih mjera za provedbu propisa poreznih i drugih propisa u djelokrugu Carinske uprave, te usklađivanja i ujednačavanja prakse pri njihovoj primjeni unutar carinske službe, provedba upravnih, prekršajnih i drugih postupaka u djelokrugu Središnjeg ureda.