Fitosanitarni sektor uređuje poslove zdravstvene zaštite bilja i biljnih proizvoda od štetnih organizama bilja u proizvodnji i prometu, promet i nadzor sredstava za zaštitu bilja; predlaže strategiju i ciljeve, priprema planove za provedbu ciljeva iz svog djelokruga rada; kreira i predlaže odgovarajuće mjere s ciljem unaprjeđenja struke i njenog razvoja; priprema nacrte Zakona i ostalih propisa i provedbenih akata i usklađuje ih s međunarodnim standardima i propisima Europske unije, vodi bilateralnu i multilateralnu suradnju iz svog djelokruga rada; sudjeluje u izradi proračuna iz djelokruga Sektora; prati stanje u fitosanitarnom području; određuje ustroj, rad i prati funkcioniranje fitosanitarne inspekcije u skladu sa propisima o biljnom zdravstvu; daje inicijativu za rješavanje pojedinih pitanja; vodi upravne postupke i izdaje rješenja u okviru svog djelokruga; vodi upisnike, evidencije i izrađuje izvješća u okviru djelokruga rada Sektora; planira i koordinira uspostavu informacijskog sustava za fitosanitarno područje, koordinira aktivnosti državnih institucija koje obavljaju poslove iz fitosanitarnog područja temeljem Zakona i provedbenih propisa iz nadležnosti Ministarstva; provodi i ostale poslove koji mu se stave u nadležnost.