Odjel za računovodstvene poslove računovodstveno prati događaje koji se odnose na Sektor, u skladu s propisima Europske unije, Memorandumom o suglasnosti o osnivanju Nacionalnog fonda, Zakonom o proračunu i Zakonom o računovodstvu te u skladu s drugim propisima Republike Hrvatske; prati knjigovodstveno evidentiranje svih financijskih transakcija; kontrolira usklađivanje salda na kontima glavne knjige; obavlja zaključna knjiženja; kontrolira računovodstvenu dokumentaciju pripremljenu za knjiženje; kontrolira knjiženje prihoda i rashoda; izrađuje financijske dokumente i izvješća; priprema financijski plan; priprema i održava Računski plan koji se odnosi na poslove Sektora.