Kada se radi o sekundarnom Sjögrenovom sindromu kod kojeg postoje i druge popratne autoimune bolesti - reumatski artritis, sustavni eritemski lupus, sustavna skleroza ili Hashimotov tireoiditis, osim lokalnog liječenja očiju i usta treba primijeniti i lijekove koji smanjuju tegobe ostalih manifastacija bolesti, kao što su bolovi u zglobovima ili poremećeni rad štitnjače.