Dosadašnja istraživanja dovela su do niza spoznaja pa je tako jasno da je spilja Lokvarka nastala u jurskim vapnencima i dolomitima srednje jure i to korozivnim djelovanjem vode duž pukotine u smjeru jugozapada u doba diluvija (pleistocena), odnosno perioda izmjene ledenih doba na Zemlji, koji je započeo prije oko 2 milijuna godina, a završio prije oko 100 000 godina.