Dakle, ona obuhvaća sva područja Natura 2000 i dodatno još neka važna za vrste iz nacionalnog Crvenog popisa i stanišne tipove zaštićene Pravilnikom o vrstama stanišnih tipova, karti staništa, ugroženim i rijetkim stanišnim tipovima te o mjerama za održavanje stanišnih tipova NN 7/06. Iako se područja NEM i NATURA 2000 često poklapaju, ciljevi očuvanja na njima nisu uvijek isti.