Odsjek za analitičku obradu transakcija obavlja predanalitičku obradu transakcija iz baza transakcija Ureda koja uključuje pretraživanje baza transakcija, izdvajanje transakcija po određenim kriterijima, pretraživanje drugih raspoloživih internih i eksternih baza podataka, sastavljanje izvješća s prijedlogom za otvaranje analitičkog predmeta, periodično sastavljanje izvješća o pojavnostima u obavješćivanju Ureda o transakcijama od strane obveznika i dostavljanje istog izvješća Odjelu za prevenciju i nadzor, sastavljanje prijedloga za unaprjeđenje rada u predanalitičkoj obradi i dostavljanje istog relevantnim odjelima Ureda; obavlja analitičku obradu sumnjivih transakcija slijedom obrazloženih obavijesti o sumnjivim transakcijama dostavljenih od nadležnih tijela Devizni inspektorat, Porezna uprava, Financijska policija, Carinska uprava, Hrvatska agencija za nadzor financijskih usluga, Hrvatska narodna banka, Ministarstvo unutarnjih poslova Ravnateljstvo policije, Državno odvjetništvo RH, Ministarstvo pravosuđa, Sigurnosno obavještajna agencija, te inozemnih financijsko obavještajnih jedinica i drugih relevantnih domaćih i međunarodnih organizacija, a koja obrada uključuje otvaranje analitičkog predmeta, analitičku obradu transakcija koja se sastoji od prikupljanja podataka, sastavljanja izvješća s zaključcima i daljnjim prijedlozima, izdavanja naloga obvezniku za eventualnom odgodom obavljanja sumnjivih transakcija najviše za 72 sata, sastavljanja obavijesti o sumnjivim transakcijama (slučajeva) i dostavljanje istih nadležnim državnim tijelima Republike Hrvatske i inozemnim tijelima na daljnje postupanje i procesuiranje, sastavljanje izvješća s prijedlogom za zatvaranje predmeta, periodično sastavljanje izvješća o pojavnostima u obavijestima o sumnjivim transakcijama i dostavljanje istoga Odjelu za informacijski sustav i strategijske analize, sastavljanje prijedloga za unaprjeđenje rada u analitičkoj obradi i dostavljanje istog relevantnim odjelima Ureda; obavlja analitičku obradu transakcija vezanih za financiranje terorizma koja uključuje zaprimanje lista imena fizičkih osoba i entiteta osumnjičenih ili povezanih glede terorizma, pretraživanje baza transakcija, provjera u bankarskom sustavu Republike Hrvatske, analitička obrada transakcija koja se sastoji od sastavljanja izvješća s zaključcima i daljnjim prijedlozima, izdavanja naloga obvezniku za eventualnom odgodom obavljanja sumnjivih transakcija najviše za 72 sata, sastavljanja obavijesti o sumnjivim transakcijama (slučajeva) i dostavljanje istih nadležnim državnim tijelima Republike Hrvatske i inozemnim tijelima na daljnje postupanje i procesuiranje, sastavljanje izvješća s prijedlogom za zatvaranje predmeta, periodično sastavljanje izvješća o pojavnostima u obavijestima o sumnjivim transakcijama iz područja financiranja terorizma i dostavljanje istoga Odjelu za informacijski sustav i strategijske analize, sastavljanje prijedloga za unaprjeđenje rada u analitičkoj obradi i dostavljanje istog relevantnim odjelima Ureda.