Oni pastoriziraju župe u Otoku, Drenovcima i Županji; u Vukovaru tada grade drvenu crkvu, koju na izričitu želju gvardijana Antuna Oršića posvećuju na " čast Bogu i Svetim apostolima Filipu i Jakovu ". 1723. vukovarski franjevci ne podliježu više nadleštvu samostana u Baču; počinju graditi novi samostan i zidanu crkvu svetih apostola Filipa i Jakova. 1732. blagoslovio je novu crkvu njezin graditelj fra Marko Dragojević, a 1738. posvetio ju je pomoćni pečuški biskup Sigismund Berenyi. 1734. vukovarski franjevci upravljaju župama u Tordincima, Jankovcima i Sotinu, dok je Nuštar filijala vukovarske župe 1736. franjevci su osnovali školu za mušku i žensku djecu u gradu; u njoj su predavali i latinski jezik; njihova školska djelatnost prestaje izvan samostana 1863, a u samostanu je od 1733. do 1783. djelovala visoki studij filozofije te od 1803. do 1885. visoki studij teologije; u prvoj su medu ostalima predavali Vukovarci fra Antun Tomašević, filozofski pisac, i fra Josip Janković, crkveni pravnik. 1754. fra Josip Janković pribavio je za vukovarsku crkvu tijelo sv. Bone mučenika. 1803. umro je u Vukovaru fra Ivan Velikanović, brođanin, dramski pisac, autor nabožnih djela, prevodilac i sastavljač teoloških spisa i povijesnih zapisa; priznati je slavonski književnik pretpreporodnog razdoblja. 1896/97. temeljito je obnovljena i proširena crkva.