Indikacije za ehokardiografiju su brojne: najčešća je šum na srcu, bol oko srca ili gubitak svijesti, povišen arterijski krvni tlak, zaostajanje u razvoju bez jasnog uzroka, bolesnici s neuromišićnim bolestima za koje se zna da mogu imati i promjene na srcu, sistemske bolesti (kolagenoze), ukoliko u obitelji postoji podatak o bolestima srca, fenotipski izgled za neke sindrome koji mogu biti povezani s promjenama na srcu, genske ili kromosomske bolesti, poremećaj srčanog ritma, izlaganja težim tjelesnim naporima (sportaši), zagasito crvena boja kože (cijanoza) nepoznatog uzroka, povećanja sjena srca na radiografskom nalazu, srce smješteno desno ili neuobičajen položaj drugih organa i brojne druge.