Služba za informacijski sustav obavlja za potrebe Porezne uprave i Financijske policije stručne poslove koji se odnose na projektiranje, izgradnju, razvijanje i uporabu informacijskog sustava; praćenje i razvoj informacijskih tehnologija na području razvoja i izrade programskih rješenja, te odabir i predlaganje primjene onih sustava koji mogu najviše unaprijediti rad; na temelju spoznaja o novim tehničkim i tehnološkim rješenjima na području projektiranja, razvoja i izrade programske podrške i načinu funkcioniranja drugih informacijskih sustava predlaže povezivanje s drugim informacijskim sustavima u državi; razvijanje tehničko-tehnološkog sustava za podršku Internet/Intranet sustavu davanja i prikupljanja informacija na području projektiranja, razvoja i izrade programskih rješenja; predlaganje metoda rada sukladnih novim informatičkim uslugama (uporaba normiziranih sustava internog poslovanja, Internet/Intranet usluga, elektroničkog poslovanja i sl.); obavljanje poslova normizacije informatiziranih procesa sukladno ISO normama; osiguravanje neometanog obavljanja poslovnih aktivnosti vezanih za programsku podršku; praćenje i razvoj informacijskih tehnologija na području komunikacija, te odabir i predlaganje primjene onih sustava koji mogu najviše unaprijediti rad; na temelju spoznaja o novim tehničkim i tehnološkim rješenjima na području komunikacija i o načinu funkcioniranja drugih informacijskih sustava predlaže povezivanje s drugim informacijskim sustavima u državi; na temelju smjernica i normiziranih procesa, projektirati, razvijati, implementirati, te održavati rad sustava za razmjenu podataka i informacija sa zemljama Europske unije kao što je organizacija sustava i komunikacijske mreže (dalje u tekstu: CCN/CSI), CLO, te podrška za sustave VIES i informacijski sustav za primjenu poreza na dodanu vrijednost na elektroničke transakcije (dalje u tekstu: VES); razvijanje tehničko-tehnološkog sustava za podršku Internet/Intranet sustavu davanja i prikupljanja informacija na području komunikacija; obavljanje poslova održavanja i unapređivanja komunikacijskog sustava; osiguravanje neometanog obavljanja poslovnih aktivnosti vezanih za komunikacijski sustav; na temelju spoznaja o načinu funkcioniranja drugih informacijskih sustava predlaganje povezivanja s tim sustavima; osiguravanje pomoći korisnicima iz područja uporabe računalne opreme; osiguravanje pomoći korisnicima pri uporabi novorazvijenih programskih rješenja; redovitu edukaciju djelatnika; predlaganje primjene novih tehnologija i unapređenje rada u razvoju servisa poreznim obveznicima (skup usluga putem kojih Porezna uprava pomaže poreznim obveznicima pri ostvarivanju njihovih prava i ispunjenju poreznih obveza); organiziranje sustava i prijedlog sadržaja za Internet i Intranet te ažuriranje propisa i dokumenata za Internet/Intranet; izrada, ažuriranje i razvoj središnje baze znanja Porezne uprave (sustavni prikaz poreza i doprinosa po vrstama poreza i poreznim obveznicima); izrada publikacija i projektiranje računalnih programa koji omogućuju poreznim obveznicima izvršenje poreznih obveza; organiziranje i realizacija sustava elektroničkih poreznih prijava; organiziranje sustava poreznih posrednika (medijatori); priprema sadržaja za Kontakt-centar; organiziranje i upravljanje radom Kontakt-centra Središnjeg dijela; organiziranje rada Kontakt-centra proširenog dijela koji je u funkciji za vrijeme podnošenja godišnjih poreznih prijava; edukacija službenika za rad u Kontakt-centru.