Odjel za pripremu i praćenje programa Europske unije sudjeluje u izradi i preinakama programskih dokumenata u sklopu fondova Europske unije u području IV. komponente Razvoj ljudskih potencijala, obavlja poslove koordinacije i suradnje s drugim tijelima uključenim u izradu programskih dokumenata, pruža stručnu podršku i savjetovanje u području izrade detaljnih procedura i pravila vezanih uz pripremu i odabir operacija koje će se financirati u sklopu ključnih područja intervencija u operativnome programu, utvrđuje planirane krajnje korisnike programa u sklopu sektorske nadležnosti, sudjeluje u uspostavi evaluacijskih odbora za odabir operacija, obavlja periodičko prikupljanje podataka i priprema izvještaje o provedbi programa u sklopu sektorske nadležnosti, sudjeluje u izradi komunikacijskog plana zajedno s drugim tijelima Operativne strukture i drugih strateških dokumenata, obavlja pripremu i ažuriranje podatka za objavu na mrežnim stranicama Ministarstva i u elektroničkim/tiskovnim medijima, obavlja poslove uspostave i provedbe sustava unutarnje kontrole (analiza rizika, radnih opterećenja zaposlenika, upravljanje nepravilnostima, prikupljanje i pohrana dokumentacije potrebne za provedbu revizijskih kontrola).