Ona uvodi slične mjere zaštite europske flore i faune kao i Direktiva o pticama, no izuzev ptica obuhvaća dodatnih 1000 vrsta (biljaka, sisavaca, gmazova, vodozemaca, riba, određenih skupina beskralješnjaka) te više od 230 stanišnih tipova (nekih vrsta močvarnih, travnjačkih, šumskih, morskih i drugih staništa).