Odjel za potporu, koordinaciju i za suradnju s EU daje potporu i koordinira poslove između odjela u Sektoru vezanih uz pitanja međunarodne suradnje, pripremu i provedbu projekata i komunikaciju s nadležnim tijelima Europske Komisije; vodi brigu o provedbi obveza Republike Hrvatske koje proizlaze iz članstva i obveza iz međunarodnih konvencija, bilateralnih i multilateralnih sporazuma iz fitosanitarnog područja, te iz obveza prema Europskoj uniji iz djelokruga rada Sektora; potiče dvostranu suradnju s ministarstvima i institucijama drugih zemalja, posebice članica Europske unije iz fitosanitarnog područja; inicira i priprema projekte iz djelokruga Sektora iz donacija i fondova EU, FAO, i drugih međunarodnih fondova namijenjenih fitosanitarnom području; koordinira provedbu dodijeljenih projekata; planira i priprema godišnje i višegodišnje zahtjeve za projekte za potrebe Sektora; izrađuje hodogram aktivnosti projekata; priprema podloge za financiranje; koordinira aktivnosti s drugim relevantnim ustanovama uključenima u pripremu i provedbu projekata; surađuje s nadležnim tijelima donatorima i partnerima na projektima iz nadležnosti Sektora; nadzire, i koordinira i prati ispunjavanje preuzetih obveza i provedbu projekata i programa kojih iz njih proističu; izrađuje i/ili koordinira izradu izvješća o provedbi dobivenih projekata; dostavlja izvješća iz fitosanitarnog područja nadležnim međunarodnim institucijama; surađuje u planiranju i koordinira uspostavu informacijsko komunikacijskog sustava za potrebe Sektora, surađuje s Odjelima Sektora na drugim poslovima iz fitosanitarnog područja, kao i s drugim organizacijskim jedinicama Ministarstva iz područja sigurnosti hrane, veterinarske i fitosanitarne politike.