Služba tretmana zatvorenika i maloljetnika obavlja upravne i stručne poslove koji se odnose na razvrstavanje zatvorenika (odlučivanje o kaznionici ili zatvoru u kojem će zatvorenik izdržavati kaznu zatvora, odnosno premještaju zatvorenika na izdržavanje kazne zatvora u drugu kaznionicu ili zatvor), zdravstvenu zaštitu, izobrazbu zatvorenika i maloljetnika, uvjetni otpust zatvorenika, organizaciju provedbe slobodnog vremena, nadzora izvršavanja pojedinačnog i posebnih programa, izradu stručnih mišljenja o tijeku posebnih programa, strukturiranje i provedbu projekata i programa povezanih sa potrebama i rizicima zatvorenika i maloljetnika, sudjelovanje u nadzoru ostvarivanja prava zatvorenika i maloljetnika, nadzor, prijedlog mjera i sudjelovanje u izradi i provedbi programa izobrazbe službenika tretmana u kaznionicama, zatvorima i odgojnim zavodima, vođenje evidencija o zatvorenicima i maloljetnicima i statističku obradu podataka, sudjelovanje u izradi nacrta propisa, provođenje unutarnjeg nadzora iz svog djelokruga, rješavanje pritužbi zatvorenika iz svog djelokruga i međunarodnu suradnju.