Odjel obavlja poslove kontrole kvalitete projektne dokumentacije zaprimljene od korisničkih institucija, poslove praćenja provedbe Operativnog programa u dijelu sektorske nadležnosti, obavlja kontrolu na licu mjesta krajnjih korisnika programa, prikuplja i analizira podatke vezane uz provedbu projekata na razini prioriteta/mjere, a u svrhu praćenja uspješnosti provedbe projekata u sklopu ugovornih obveza, sudjeluje u procesu uspostave, održavanja i nadogradnje sustava za praćenje provedbe projekata prema indikatorima/pokazateljima uspješnosti provedbe, obavlja unos podataka u informacijski sustav praćenja provedbe programa, obavlja kvalitativnu kontrolu izvršenih odobrenja prema nastalim troškovima u pojedinim projektima u sektorskoj nadležnosti, a prema zaprimljenoj dokumentaciji od provedbenog tijela, priprema izvještaje o uspješnosti provedbe projekata u sklopu sektorske nadležnosti i dostavlja ih upravljačkom tijelu te obavlja poslove provedbe procedura u sustavu unutarnjih kontrola.