Ustrojena je Zakonom o ustrojstvu i djelokrugu ministarstava i državnih upravnih organizacija iz 1994, godine odnosno i Zakonom o izmjenama i dopunama Zakona o ustrojstvu i djelokrugu ministarstava i državnih upravnih organizacija (" Narodne novine " 131/97. Državna uprava za zaštitu prirode i okoliša u nadležnosti ima poslove izrade propisa, obavljanje upravnog nadzora, upravne i stručne poslove iz područja zaštite okoliša, a koji se odnose na opću politiku zaštite okoliša u ostvarivanju uvjeta za održivi razvitak; zaštitu zraka, tla, voda, mora, biljnog i životinjskog svijeta u ukupnosti uzajamnog djelovanja; predlaganje, promicanje i praćenje mjera za unapređenje zaštite okoliša; osiguravanje provedbe katastra onečišćavanja (monitoring); vođenje informacijskog sustava zaštite okoliša; utvrđivanje mjera i uvjeta zaštite okoliša; postupanje s otpadom; pripremu prijedloga i standarda zaštite okoliša; inspekcijske poslove zaštite okoliša; poticanje odgoja i obrazovanja te istraživanja u svezi sa zaštitom okoliša; istraživanje, proučavanje, praćenje evidentiranje, dokumentiranje i promicanje prirodne baštine; središnju informacijsko-dokumentacijsku službu; utvrđivanje svojstava zaštićenih dijelova prirode te njihovo vrednovanje; vođenje središnjih upisnika zaštićenih dijelova prirode; propisivanje mjerila za utvrđivanje programa javnih potreba u području zaštite prirode Republike Hrvatske; skrb, usklađivanje i vođenje nadzora nad financiranjem programa zaštite prirode; ocjenjivanje uvjeta za rad pravnih i fizičkih osoba na poslovima zaštite prirode; osiguravanje uvjeta za obrazovanje i usavršavanje stručnih djelatnika u djelatnostima zaštite prirode; provedbu nadzora prometa, uvoza i izvoza zaštićenih dijelova prirode; utvrđivanje uvjeta za korištenje i namjenu zaštićenih dijelova prirode te upravljanje zaštićenim dijelovima prirode sukladno propisima; utvrđivanje posebnih uvjeta građenja za zaštitu dijelova prirodne baštine; obavljanje inspekcijskih poslova zaštite prirode i drugih poslova koji su joj stavljeni u nadležnost.