Odjel za koordinaciju programa ISPA nadležan je za poslove koordinacije provedbe ISPA programa, uključujući poslove koordinacije pripreme, nadzora provedbe i evaluacije projekata financiranih iz programa ISPA, te aktivnosti vezane uz pripremu za korištenje novih programa pretpristupne pomoći (IPA); koordinira izradu nacionalnih strateških dokumenata vezanih uz ISPA program; koordinira provedbu svih aktivnosti vezanih uz ISPA program koje se odvijaju u institucijama korisnicama ISPA programa; nadzire provedbu pojedinačnih projekata u okviru programa ISPA i osigurava, ispred Nacionalnog koordinatora programa ISPA, da aktivnosti koje se provode u sklopu projekata budu u skladu sa zadanim ciljevima naznačenim u potpisanom Memorandumu o financiranju; obavlja zadaće tehničkog tajništva glavnog nadzornog tijela za provedbu programa ISPA Nadzornog odbora, kojim predsjeda Nacionalni koordinator programa ISPA; nadzire i koordinira prikupljanje i dostavljanje informacija o provedbi te za Nacionalnog koordinatora programa ISPA priprema izvješća o napretku u izvršenju aktivnosti koja se prosljeđuju Europskoj komisiji u skladu s pravilima naznačenim u Memorandumu o financiranju i u referentnoj pravnoj regulativi Europske zajednice; u sektorskim područjima svoje nadležnosti, usklađuje korištenje programa ISPA s drugim tehničkim i financijskim instrumentima na raspolaganju RH; u sektorskim područjima svoje nadležnosti, koordinira provedbu informativnih aktivnosti, u suradnji s Upravom za informiranje i obrazovanje, vezano uz korištenje ISPA programa pomoći u skladu s pravilima naznačenim u Memorandumu o financiranju i u referentnoj pravnoj regulativi Europske zajednice, te obavlja i druge poslove iz svog djelokruga.