Odjel sastavlja izvješća o uspostavljenim sustavima unutarnjih kontrola; obavlja poslove nadzora pravilnog, pravodobnog i zakonitog rada upravnih organizacija i ustrojstvenih jedinica užeg dijela Ministarstva, Financijske policije, Deviznog inspektorata i Ureda za sprječavanje pranja novca; provodi inspekcijski nadzor u pojedinim predmetima po pravu nadzora; provodi postupak za utvrđivanje činjenica i okolnosti mjerodavnih za ocjenu zakonitosti postupanja državnih službenika i namještenika, odnosno za ocjenu postojanja povreda službene dužnosti; priprema stručne podloge nadležnim službama za podnošenje prijava ili zahtjeva za pokretanje prekršajnih, kaznenih i disciplinskih postupaka zbog nepravilnog i nezakonitog rada; koordinira obavljanje poslova unutarnjeg nadzora nadležnih službi za unutarnji nadzor Porezne uprave i Carinske uprave, surađuje s odgovornom osobom za financijsko upravljanje i unutarnje kontrole (FMC); surađuje s Upravom za harmonizaciju unutarnje revizije i financijske kontrole, dostavlja propisana izvješća i traženu dokumentaciju; obavlja i druge poslove po nalogu ministra.