U optužnici od 21. listopada 2004. tereti ga se u tri točke za nepoštivanje suda, nepoštivanje u pokušaju i poticanje na nepoštivanje suda, te navodi da je Beqaj postupajući po nalogu Limaja i svog rođaka Muslijua, svjedoke B-1 i B-2 zastrašivao i pokušavao podmititi, nudeći im zemlju i novac.