Najčešća precore mutacija je G-A promjena kod nukleotida 1896 (G1896A) koji kreira stop codon i rezultira gubitkom HBeAg sinteze; najčešća core promoter mutacija uključuje 2 zamjenska nukleotida u nukleotidima 1762 i 1764. HBeAg negativni nosioci su heterogena grupa i većina njih ima nizak nivo DNA, relativno normalan nivo alanin aminotransferaze i povoljne prognoze.