Odjel je nositelj više projekata: konzervacije i restauracije nalaza s potopljene venecijanske galije kod Gnalića u suradnji sa Sveučilištem u Zadru, Odjelom za arheologiju i Center for Maritim Archaeology and Conservation, TAMU (od 2011. g.); podvodnog arheološkog istraživanja te konzervacije i restauracije nalaza s antičkog brodoloma Stanići-Čelina (od 2010. g.); podvodnog istraživanja rimskog ribnjaka u Katoru kod Umaga u suradnji s Muzejom grada Umaga i Centre Camille Jullian (od 2008. g.); podvodnog arheološkog pregleda terena te konzervacije i restauracije arheoloških nalaza iz uvale grada Visa (od 2010. g.) te uvale grada Starog Grada na otoku Hvaru (od 2008. g.); kopnenog i podvodnog arheološkog istraživanja te konzervacije i restauracije arheoloških nalaza iz vile maritime u Sv. Ivanu kod Umaga (od 2008. g.).