U prvom dijelu ciklusa (folikularna faza ciklusa) bazalna temperatura je niža zbog lučenja estrogena, koji je " hladniji " hormon, u odnosu na progesteron, koji se luči nakon ovulacije u drugom dijelu ciklusa (lutealna faza ciklusa), koji je " topliji " te je i bazalna temperatura viša u drugom dijelu ciklusa