Odjel za hrvatske manjine i iseljeništvo vodi skrb o uvažavanju statusa hrvatskih autohtonih manjina u europskim državama i ostvarivanju njihovih manjinskih prava; prati provedbu i poštivanje prihvaćenih europskih standarda u zaštiti manjina u zemljama u kojima žive; podupire etničku, vjersku, kulturnu i jezičku samosvijest te pravo na osobitost vlastitog kulturnog života i nacionalnih tradicija; prati promjene u migracijskoj politici i legislativi država primateljica; bavi se i problematikom hrvatskog iseljeništva, prati njihov pravni i politički položaj te ukazuje na slučajeve diskriminiranja naših iseljenika u pojedinim zemljama; održava stalnu suradnju s predstavnicima hrvatskih manjinskih i iseljeničkih organizacija te surađuje i koordinira s odgovarajućim institucijama u zemlji i inozemstvu u svezi ostvarivanja manjinskih i iseljeničkih prava; sudjeluje u iniciranju, izradi i primjeni dvostranih ugovora za zaštitu prava hrvatskih nacionalnih manjina; sudjeluje u radu međunarodnih kongresa, konferencija i radnih skupina vezanih uz zaštitu prava manjina u europskim zemljama (Vijeće Europe, SEI, Radna zajednica Alpe Jadran).