Odjel zdravstvene zaštite bilja obavlja upravne poslove iz područja biljnog zdravstva vezane uz zdravstvenu zaštitu bilja i biljnih proizvoda od štetnih organizama bilja; surađuje u pripremi strategije, ciljeva i planova iz svog djelokruga rada; priprema nacrte Zakona i ostalih propisa iz područja biljnog zdravstva i usklađuje ih sa zakonodavstvom Europske unije i ostalim međunarodnim standardima i normativima; izrađuje stručne naputke i mišljenja, daje odgovore; donosi rješenja, dozvole i dopuštenja iz svog djelokruga rada; koordinira pripremu i predlaže programe nadzora i istraživanja štetnih organizama bilja; prati stanje u područjima koja su zaražena karantenski štetnim organizmima bilja i drugim propisima o štetnim organizmima bilja i donosi prijedloge za poboljšanje stanja; provodi analizu i ocjenu zdravstvenog stanja bilja i biljnih proizvoda; prati i analizira rad izvještajno prognozne službe; sudjeluje u pripremi i provedbi projekata EU iz svog djelokruga; vodi bilateralnu i multilateralnu suradnju na području zdravstvene zaštite bilja, surađuje i razmjenjuje informacije sa službama biljnog zdravstva drugih država, Europskom komisijom i s međunarodnim institucijama nadležnim za biljno zdravstvo; koordinira rad i razmjenjuje informacije sa Zavodom za zaštitu bilja i ostalim stručnim institucijama i znanstvenim ustanovama uključenim u poslove zdravstvene zaštite bilja, surađuje s ostalim upravnim tijelima; uspostavlja i vodi upisnike, izrađuje izvješća, popise i evidencije iz svog djelokruga rada, planira i koordinira uspostavu informacijskog sustava za potrebe zdravstvene zaštite bilja; dostavlja i razmjenjuje izvješća s nadležnim međunarodnim institucijama; obavlja i druge poslove propisane zakonom.