Nuspojave fototerapije su pojava osipa po koži, smanjenje broja trombocita (krvnih pločica odgovornih za pravilno zgrušavanje krvi) i leukocita (bijelih krvnih zrnaca važnih u obrani od infekcija), a moguće je i pregrijavanje i isušivanje novorođenčeta, te se optimalan nadzor djeteta zbiva u inkubatoru.