Odjel za hranu obavlja upravno-pravne i stručne poslove te poslove sanitarnog nadzora nad zdravstvenom ispravnošću i higijenom hrane u proizvodnji i prometu hrane; harmonizacijom nacionalnih propisa s horizontalnim propisima Europske unije vezanih uz hranu za posebne prehrambene potrebe, dodatke prehrani, zdravstvenu ispravnost i higijenu hrane, te nadzire njihovu provedbu; surađuju s nadležnim tijelima Republike Hrvatske; prati događanja u području sigurnosti hrane u zemljama Europske unije i zemljama kandidatkinjama za članstvo u Europskoj uniji; provodi nadzor nad provedbom propisa vezanim uz hranu za posebne prehrambene potrebe, dodatke prehrani, funkcionalnu hranu, dječju hranu, brzo smrznutu hranu, kontaminante, aditive i arome; izrađuje i osigurava provedbu specifičnih propisa iz svoje nadležnosti za koje Europska unija nije donijela posebne propise; sa ostalim zainteresiranim stranama sudjeluju u izradi vodiča i procjeni vodiča dobre prakse i vodiča za primjenu HACCP-a; surađuje s drugim tijelima u području uspostave sustava brzog uzbunjivanja u svezi s opasnostima u hrani, te sudjeluje u upravljanju rizicima; prati i sudjeluje u radu međunarodnih organizacija; vodi upravni postupak izdavanja rješenja i mišljenja sukladno pravilnicima o hrani za posebne prehrambene potrebe, dodacima prehrani, obogaćenoj hrani te prehrambenim i zdravstvenim tvrdnjama; evidentira i registrira objekte iz svoje nadležnosti; vodi upisnik evidentiranih i registriranih objekata iz svoje nadležnosti; izrađuje i daje stručna tumačenja svih propisa iz nadležnosti; organizira program edukacije sanitarnih inspektora radi osiguranja jedinstvenog pristupa službene kontrole zdravstvene ispravnosti i higijene hrane; izrađuje vodiče i kontrolne liste za službenu kontrolu zdravstvene ispravnosti i higijene hrane, izrađuje skupne izvještaje o službenoj kontroli hrane; sudjeluje u izradi godišnjih planova aktivnosti vezanih uz provođenje službenih kontrola, a temeljenih na analizi rizika s navedenim rokovima i podjelom odgovornosti; brine o sustavnoj edukaciji sanitarnih inspektora na području hrane; sudjeluje u pripremi programa edukacije i vodi evidenciju o edukaciji službenika Uprave za sanitarnu inspekciju; izrađuje propise o metodama uzorkovanja i laboratorijskim analitičkim metodama za kontrolu kontaminanata u hrani; sudjeluje u edukaciji subjekata u poslovanju s hranom; brine da svaki rashod bude opravdan stvarnom potrebom i potvrđen prethodnom kontrolom.